Вообще-то, согласно положениям Федерального закона № 253 «О Российской Академии наук…» региональные научные центры должны были сохраниться в структуре РАН и её региональных отделений, но правительственное постановление передало их в ФАНО вместе с институтами. В Сибирском отделении, всегда считавшемся в РАН сильным звеном, ожидали, что реорганизация, как сказал академик А. Асеев, «…начнется не с нас, а с Ленинского проспекта». Но проекты реструктуризации научных систем Востока России, рожденные в Федеральном агентстве, были радикальными и рассчитанными на скорейшую реализацию. Председатель СО РАН напомнил, как уже в 2014-м году в Иркутском научном центре произошла попытка объединить сразу 18 юридических лиц. «Нам стоило больших трудов остановить этот процесс», — рассказал академик, отметив «героическую роль» руководства Института солнечно-земной физики и Лимнологического института. От слияния там отказались наотрез, при этом оба коллектива работают над задачами национального масштаба: созданием гелиогеофизического центра в Восточной Сибири и сохранением озера Байкал. Также, со слов Александра Асеева, немалыми усилиями удалось остановить в Красноярском научном центре лишение  юридических лиц 13 научных организаций, причем некоторые из них сформировались ещё до образования Сибирского отделения.

«Первопричина таких попыток кроется в разнице подходов к тому, что считать базовой единицей научного ландшафта, — поделился главный учёный секретарь СО РАН член-корреспондент РАН Валерий Иванович Бухтияров. — В Минобрнауки таковой видят лабораторию. Не спорю, она может считаться автономным субъектом науки (хотя не всякая, а только сильная), но, на мой взгляд, более правилен вариант, когда главный конструктивный элемент — это институт. Только в учреждении такого масштаба можно, во-первых, готовить кадры с междисциплинарными компетенциями, а во-вторых, решать комплексные задачи в интересах экономики. В принципе, такой подход поддерживает ФАНО». По мнению Валерия Бухтиярова, институтов не хватает как раз в регионах, особенно там, где академическая организация всего одна — например, в Туве или Забайкалье. «Потерять Тувинский институт комплексного освоения природных ресурсов, — заострил А. Асеев, — значит, обречь республику на деградацию».